時は２X世紀。
　　　　　　人類は度重なる核戦争と環境汚染によって地球を追われ、宇宙へと安住の地を求めた。
　　　　　　しかし、そこで起きたのは新たなる覇権争い。
　　　　　　全宇宙の支配を目論む帝国と、それに抵抗するレジスタンス『Ｒｅ：ＥＶＯＬ（リ エヴォル）』。
　　　　　　トモヒサがリーダーを務める特務部第壱翼竜隊とゴウシが率いる守護部零壱獣脚隊は帝国の兵士として、
　　　　　　レジスタンスとの戦いに明け暮れていた。
　　　　　　そんな中、レジスタンスの襲撃によりユヅキが負傷し、意識不明の昏睡状態に陥ってしまい…━━。